Přitahovala ho však politika a i zde dosáhl jako sociální demokrat významné pozice ministra zdravotnictví ve vládě Miloše Zemana v období 9. 2. 2000 - 12. 7. 2002. Doposud je držitelem rekordu, protože žádný ministr zdravotnictví nevydržel od listopadu 1989 ve funkci déle. To vypovídá o kvalitách Bohumila Fišera i o těžkosti správy tohoto rezortu.

Za svou prioritu si dal zvýšení platů lékařů i sester bez zvýšení spoluúčasti pacientů, což se mu podařilo díky tlaku na ředitele nemocnic, aby ve prospěch platů omezili nákladné nákupy služeb i zboží.

Byl i členem Zastupitelstva města Brna. Toto město, kde se narodil a prožil celý život, měl rád. Fišerův zájem o politiku symbolicky dokládá, že kniha Úvahy o politice vydaná Joštovou akademií v Brně, která vyšla 5 dnů před jeho smrtí, se nezabývá lékařskou vědou, ale politikou. Kniha obsahuje text Bohumila Fišera Politika z pohledu přírodovědce, jenž přináší čtenářům netradiční názor na politické děje v širším historickém kontextu z pohledu člověka, který je lékař. Práce dokazuje jeho výbornou znalost společenských věd.

Bohumil Fišer byl autoritou pro mnohé sociální demokraty v Brně, kde se roku 1993 stal členem sociální demokracie. Uznáván byl i představiteli jiných stran na brněnské radnici. Byl příkladem dobrého politika i úspěšného vědce s velkou schopností správně pojmenovat a vystihnout podstatu složitých politických dějů.

S Bohumilem Fišerem odešel slušný člověk, který mnoha lidem pomohl a nikomu neublížil.

(Autor: Zdeněk Koudelka)